大規模タンパク質の量子化学計算システム ProteinDF System
ProteinDFとProteinEditorを融合させたタンパク質の量子化学計算システムです。
- 2008.02.29
- ProteinDF System ver.1.42 リリース
- 2007.12.03
- ProteinDF System ver.1.4 リリース
- 2007.05.31
- ProteinDF System ver.1.2 リリース
- 2006.06.01
- ProteinDF System ver.1.0 リリース
（1）大規模タンパク質の量子化学計算プログラム ProteinDF
- 2008.02.29
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ProteinDF ver.1.42 リリース
いくつかの不具合を修正しました。 - 2007.12.03
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ProteinDF ver.1.4 リリース
新たに交換相関汎関数を追加しました。
QCLO法プログラムがパッケージに含まれています。 - 2007.05.31
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ProteinDF ver.1.2 リリース
ScaLAPACKに対応しました。
並行・並列版QCLOプログラムを追加しました。
局在化軌道計算部分を並列化しました。 - 2006.06.01
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ProteinDF ver.1.0 リリース
交換-相関汎関数のバグを修正しました。
（2）大規模タンパク質の分子動力学プログラム ProteinMD
- 2007.05.31
- ProteinMD ver.1.0 リリース
- 2006.06.01
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ProteinMD ver.0.9 リリース
相互作用計算を堅牢化しました。
相互作用計算を高速化しました。
コンポーネントの構成を改良しました。
（3）ProteinDF システム用GUIプログラム ProteinEditor
- 2008.02.29
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ProteinEditor ver.1.42 リリース
いくつかの不具合を修正しました。 - 2007.12.03
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ProteinEditor ver.1.4 リリース
分子モデリング機能を強化しました。
各機能との連携を強化しました。
その他機能拡張と不具合修正を行いました。 - 2007.05.31
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ProteinEditor ver.1.2 リリース
3D Viewerにコンター/等値面表示のカラーレジェンド表示機能を追加しました。
3D Viewerに分子モデルの自動回転モードを追加しました。
3D ViewerにFieldデータ加減算機能を追加しました。
3D ViewerにJPEG/Bitmap/PNG/GIF形式の画像ファイル出力機能を追加しました。
3D Viewerに原子の配色（Atom/Residue/Temperature Factor）設定機能を追加しました。
3D Viewerにリボンの配色(Chain)設定機能を追加しました。
3D Viewerに中心座標・半径指定の構造選択機能を追加しました。
3D Viewerのモデルの拡大縮小がマウスホイールに対応となりました。
3D ViewerのStick表示に高速化を施しました。
3D ViewerがSHARP製裸眼立体視ディスプレイでの立体表示に対応となりました。
分子モデリング（原子位置/結合長/結合角/二面角の変更）機能を追加しました。
計算シナリオにおけるマリケンポピュレーション（計算値・差分）のグラフ表示機能を追加しました。
3D ViewerのCartoon表示でβ-Sheetが表示されない不具合を修正しました。
3D ViewerのFlatRibbon/TubeRibbon表示でα -Herixの面がねじれる不具合を修正しました。
3D ViewerのTransformEditorで回転角度θ が-360 <θ < 360を超える不具合を修正しました。
3D ViewerのLine選択の不具合を修正しました。
3D Viewerの部分構造選択時に分子骨格表示Noneを選択した場合の不具合を修正しました。
3D Viewerのビューワサイズ設定の不具合を修正しました。
SequenceViewerのツリーにてShiftキー操作による一括選択の不具合を修正しました。
いくつかのメモリリークによる不具合を修正しました。
その他、細かなバグ修正を行いました。
- 2006.06.01
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ProteinEditor ver.1.0 リリース
3D Viewerに原子間距離の計測機能を追加しました。
3D Viewerのリボン表示機能にCartoonモデルを追加しました。
3D Viewerの分子グラフィックスに原子名のラベル表示機能を追加しました。
3D Viewerの分子グラフィックスに座標軸表示機能を追加しました。
3D Viewerの分子骨格表示機能にアミノ酸残基/温度因子による配色設定項目を追加しました。
3D Viewerのレンダリング機能に高速化を施しました。
エネルギー準位グラフ機能がUKS計算対応となりました。
計算実行制御機能がSSH対応となりました（フリーソフトウェアPuttyが必要になります）。
