サイトマップ
link to contents
RISSについて
研究内容
イベントカレンダー
産業界との協力
ダウンロード
ホーム
研究内容
バイオ分子相互作用シミュレーターの研究開発
更新履歴
バイオ分子相互作用シミュレーターの研究開発 更新履歴
2014-07-25
BioStation Viewer Ver. 16.0を公開しました。以下の機能を追加しました。
電子密度(CNS形式)の表示および実験値との比較。
2014-07-25
ABINIT-MP Ver. 7.0を公開しました。以下の機能を追加しました。
1)1中心コレスキー分解(1C-CD)
2)2次収束HF
3)cc-pVDZ基底のサポート
4)MP2微分へのコレスキー分解の導入
5)遮蔽効果を含むPoisson-Boltzmann連続溶媒モデル
6)グリッドデータのファイルレス生成
7)MP2電子密度の評価とX線データとの比較(BioStation経由)
8)分子動力学(PEACHモジュールの移植)
また、FMO-MP2エネルギー計算などで高速化を図っています。
2013-03-26
BioStation Viewer Ver. 15.0を公開しました。以下の機能を追加しました。
1)自動フラグメント分割機能の拡張(アミノ酸側鎖、DNA主鎖、SiO2結晶)
2)多体FMO計算の入力データ作成と結果の表示
3)超分子計算結果の可視化
4)大規模な解析結果表示のための省メモリ化
2013-03-26
ABINIT-MP Ver. 6.0を公開しました。以下の機能を追加しました。
1)FMO4計算(テトラマーフラグメントの計算による多体項補正)
2)HF収束性の改良
3)OpenMP/MPI混成並列への対応(FMO4-MP2および-MP3)
4)Poisson-Boltzmann方程式に基づいた連続溶媒モデルとの連携
5)ESPフィッティングによる原子電荷計算
6)CAFI法による水素結合ネットワーク解析
7)グリッドデータ作成(電子分布および軌道の可視化)機能の統合
8)アミノ酸側鎖およびDNA主鎖の自動分割機能
9)大規模計算のための省メモリ化
10)フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)の統計的補正機能(SCIFIE)
2011-06-01
ABINIT-MP ver. 5.0を公開しました。以下の機能を追加しました。
1) 積分直接利用型並列化MP2エネルギー微分計算エンジンの搭載
2) FMO3計算(トリマーフラグメントの計算による多体項補正)
3) FMO-MP3計算の実装
4) CD (Cholesky decomposition) 法に基づいた二電子積分の高速化
5) 指定のフラグメントのみの部分構造最適化機能
6) 並列計算の負荷分散(ロードバランス)機構の改良
7) Counterpoise法に基づいたBSSE補正のFMO法への組み込み
8) 局在化分子軌道に基づいた電子密度解析法の開発
9) 連続多重極展開(CMM)に基づくdimer-es近似計算ルーチンの作成とベクトル化
10) CD法に基づくHFおよびFMO-HF及びFMO-MP2計算のSMP並列化による高速化
2011-06-01
BioStation Viewer ver.13.01公開しました。以下の機能を追加しました。
1) ABINIT-MP入力ファイル編集機能
2) 複合ジョブによる高精度エネルギー解析機能
3) BSSE計算のための入力指定機能
4) CHPI連携機能
5) 多層FMOの入力指定機能
2011-06-01
cpf2den ver. 2.0を公開しました。以下の機能を追加しました。
1) ABINIT-MPのcpfファイルの新バージョンへの対応
2) 部分構造のグリッドデータ作成機能
2010-10-21
BioStation Viewer ver.13.00-b010公開しました。今年度開発項目のベータ版です。
2010-10-08
ABINIT-MP ver. 4.3(QM/MMバージョン:Linux用)公開しました。
FMO法に基づくQM/MM法追加しました。
2010-10-08
ABINIT-MP ver. 4.3(DFTバージョン:Linux用)公開しました。
DFT計算機能を強化しました。
2010-06-01
BioStation Viewer ver.12.0公開しました。QM/MMのための入力指定機能、 DNA, RNAの編集機能、水素付加機能を追加しました。フラグメント分割機能を強化しました。
2009-06-01
ABINIT-MP ver.4.2(Linux用)公開しました。ConventionalなRI-MP2計算機能、DFT計算機能を追加しました。QM/MMでのMOデータ出力を行うようにしました。
2009-06-01
BioStation Viewer ver.10.0公開しました。2次構造表示機能の改良、bond_builderの改良、Tinker連携機能を付加しました。
2009-06-01
ABINIT-MP ver.4.2(Windows用)公開しました。ConventionalなRI-MP2計算機能、DFT計算機能を追加しました。QM/MMでのMOデータ出力を行うようにしました。
2008-03-21
(ABINIT-MPの計算結果解析ソフトウェア BioStation Viewer ver. 8.0(Linux,unix用)を公開しました。
2008-03-21
ABINIT-MP ver. 4.1 (Linux,unix用) を公開しました。 XUFF力場によるエネルギー計算部分のバグを修正しました。
2008-03-21
(ABINIT-MPの計算結果解析ソフトウェア BioStation Viewer ver. 8.0(Windows用 )を公開しました。
2008-02-22
BioStation Launcher ver. 1.5を公開しました。
2008-02-06
ABINIT-MP ver. 4.1 (Windows用) を公開しました。 (QM/MM計算の際,QM領域の設定がおかしい)を修正しました。
2007-12-12
ABINIT-MP ver. 4.0 (Windows用) の全ソースを公開しました。
2007-12-03
BioStation Viewer ver. 6.06_1を公開しました。
2007-12-03
BioStation Viewer ver. 6.06を公開しました。
2007-12-03
ABINIT-MP ver. 4.0 (Linux,unix用) の全ソースを公開しました。
2007-12-03
標的データベース(Kibank)を公開しました。
2007-08-09
システムの全ソースおよびドキュメントminimum.4.0 を公開しました。
2007-06-11
ABINIT-MP (Windows用) の全ソースを公開しました。
2007-05-31
サンプルデータ(sample.4.0)を公開しました。
2006-03-30
ドッキングシステム(biostation_dock_1.1)を公開しました。
次世代ものづくりシミュレーションシステム
大規模アセンブリ構造対応流体解析ソルバーの研究開発
大規模アセンブリ構造対応構造解析ソルバーの研究開発
複合材料強度信頼性評価シミュレーターの研究開発
大規模アセンブリ構造対応マルチ力学シミュレーターの研究開発
次世代ものづくりシミュレーションシステム統合インターフェースの研究開発
量子バイオシミュレーションシステム
バイオ・ナノ分子特性シミュレーターの研究開発
バイオ分子相互作用シミュレーターの研究開発
ナノデバイスシミュレーションシステム
量子機能解析ソルバー・ナノデバイスシミュレーターの研究開発
個人情報取り扱い
ホーム
RISSについて
研究内容
イベントカレンダー
産業界との協力
ダウンロード
Copyright © Collaborative Center for Research on Innovative Simulation Software,The University of Tokyo