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次世代量子化学計算 [ソフトウェア情報]
Quantum Chemical Simulation:The Next Generation
[Software Information]





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ProteinDFシステムβバージョン

ProteinDF[1-3]はタンパク質の精密なカノニカル全電子波動関数を計算するための密度汎関数法[4]に基づく分子軌道法プログラムです。オブジェクト指向[5]によるプログラム構築技術を取り入れるとともに[1]、プログラムを並列化し[2]、世界最大の金属タンパク質シトクロムcの全電子計算に成功した実績があります[3]。

21世紀初頭、内外でもタンパク質のさまざまな理論計算が進展し、ポストゲノム時代が花開こうとしています。この時代にProteinDFは科学技術、産業技術の両面で貢献できるプログラムの1つであると考えております。そのような観点から、ProteinDFを広く研究者、技術者に利用していただこうと整備を行っており、基本的な機能が使用できる バージョンが公開されております。

このProteinDFβバージョンでは、ペプチド鎖からなるタンパク質の計算に特化したタンパク質全電子半自動計算法[6]と、そのグラフィカルユーザインターフェース(GUI)を搭載いたしましたので、このような系であるならば、すぐにでも計算を実行に移すことができると考えております。

次世代量子化学計算グループでは、このProteinDFをさらに進化させて参ります。ユーザの皆さまの声を反映し、より使いやすく、よりさまざまなマシンに対応し、より機能の豊富なプログラムへと発展させていく所存ですので、今後とも忌憚の無いご意見、ならびにご協力をお願いいたします。




参考文献 1. F. Sato, Y. Shigemitsu, I. Okazaki, S. Yahiro, M. Fukue, S. Kozuru, H. Kashiwagi, Int. J. Quant. Chem., 63 (1997) 245.
2. T. Yoshihiro, F. Sato, H. Kashiwagi, Chem. Phys. Lett., 346 (2001) 313.
3. F. Sato, T. Yoshihiro, M. Era, H. Kashiwagi, Chem. Phys. Lett., 341 (2001) 645. W. Kohn, L. J. Sham, Phys. Rev., 140 (1965) A1133.
4. ISO/IEC 14882-1998.
5. H. Kashiwagi, H. Iwai, K. Tokieda, M. Era, T. Sumita, T. Yoshihiro, F. Sato, J. Mol. Phys. 101 (2003) 81.
6. J. Andzelm, E. Wimmer, J. Chem. Phys., 96 (1992) 1280.

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