1) Yoko Sato, Takanori Ueda, Tamotsu Yoshihiro, Fumitoshi Sato, Hiroshi Kashiwagi; "Computer Animation for Analysis of Electron Transfer in Proteins with Trimmed Parametric Surfaces", Bioimages 10 (2002) 69-74.
2) Hiroshi Kashiwagi, Hiromi Iwai, Kouji Tokieda, Makoto Era, Toyokuni Sumita, Tamotsu Yoshihiro, Fumitoshi Sato; "Convergence Process with Quasi-Canonical Localized Orbital in All-Electron SCF Calculation on Proteins", J. Mol. Phys. 101 (2003) 81-86.

1) Fumitoshi Sato, Tamotsu Yoshihiro, Hiroshi Kashiwagi; "All-Electron Calculation on Cytochrome c by the Gaussian-Type Orbitals Density Functional Method Program, ProteinDF", Proc. of the 6th World Congress of Theoretically Oriented Chemists, 1 (2002) PC435.
2) Tamotsu Yoshihiro, Fumitoshi Sato, Hiroshi Kashiwagi; "Distributed parallel processing of density functional method program ProteinDF by using the object-oriented technology", Proc. of the 6th World Congress of Theoretically Oriented Chemists, 1 (2002) PC436.
3) Naoki Ihara, Naoki Tsunekawa, Tomoyuki Kinjo, Tetsuya Ueno, Fumitoshi Sato and Hiroshi Kashiwagi; "Development of an ab initio Molecular Dynamics and Geometry Optimization Program 　for Proteins Based on ProteinDF", The 1st International Symposium on Micro & Nano Technology, (2004)

1) Fumitoshi Sato, Tamotsu Yoshihiro, Hiroshi Kashiwagi; "All-Electron Calculation on Hemoprotein Cytochrome c by Density Functional Theory Program, ProteinDF", Proc. of the Sixth Japan-China Symposium on Theoretical Chemistry 1 (2002) 14.
2) Fumitoshi Sato, Tamotsu Yoshihiro, Toyokuni Sumita, Hiroshi Kashiwagi; "ProteinDF; A New Density Functional Method Program for Calculation of All-Electron Wavefunction of Proteins", Proc. of Computational Science Workshop 2002 1 (2002) 24.

1) Fumitoshi Sato, Naoki Ihara, Tetsuya Ueno, Hiroyuki Otsuki, Saisei Tahara, Naoki Tsunekawa, Yasuyuki Nishimura, Hajime Muta, Tamotsu Yoshihiro, Chong Hwang Lean, Yoshitaka Nishikawa, Nobuya Muramatsu, Toru Inaba, So Koike, Yasuo Nagamine, Hideaki Koike, Hiroshi Kashiwagi; "Development of the new quantum chemical calculation system for proteins based on the density functional method program ProteinDF", Theory and Applications of Computational Chemistry,to be published.
2) Naoki Tsunekawa, Naoki Ihara, Tomoyuki Kinjo, Tetsuya Ueno, Fumitoshi Sato, Hiroshi Kashiwagi; "Development of an ab initio Molecular Dynamics and Geometry Optimization Program on the ProteinDF System", Joint Conference of 2nd International Conference of Molecular Simulation and CSW2004 (Computational Sciences Workshop), (2004),to be published.

1) 佐藤文俊; "ProteinDFシステムが目指す理論分子生物学の試験管", CICSJ Bulletin, 21 (2003) 109-114.

1) 佐藤文俊, 上野哲哉, 田原才静, 恒川直樹, 牟田元, 吉廣保, 柏木浩, 稲葉亨, 村松伸哉, 西川宜孝, 小池秀耀; "タンパク質全電子計算プログラムProteinDFを基盤にした次世代量子化学計算システムの開発計画", 情報処理学会第65回全国大会講演論文集,1 (2003) 29.
2) 上野哲哉, 吉廣保, 住田豊州, 柏木浩, 村松伸哉, 西川宜孝, 佐藤文俊; "QCLO法の並列処理－タンパク質の全電子自動計算のために－", 情報処理学会第65回全国大会講演論文集,1 (2003) 191.
3) 恒川直樹, 上野哲哉, 佐藤文俊; "ProteinDFのための古典MDエンジンの開発", 情報処理学会第65回全国大会講演論文集,1 (2003) 27.
4) 牟田元, 吉廣保, 佐藤文俊; "タンパク質構造の修正処理；水素原子付加の問題", 情報処理学会第65回全国大会講演論文集,1 (2003) 23.
5) 吉廣保, 上野哲哉, 稲葉亨, 柏木浩, 佐藤文俊; "密度汎関数法プログラムProteinDFの並列化-大規模クラスタでの分散並列処理を目指した改良-", 情報処理学会第65回全国大会講演論文集,1 (2003) 193.
6) 田原才静, 吉廣保, 佐藤文俊; "ガウス型基底関数を用いた密度汎関数法における分子積分関与ルーチンの高速化", 情報処理学会第65回全国大会講演論文集,1 (2003) 19.
7) 佐藤文俊; "タンパク質のための次世代量子化学計算システムの開発", 分子研研究会「高精度大規模理論計算が開く新しい分子科学」報告書, (2002) 177-191.
8) 佐藤文俊, 吉廣保, 柏木浩; "タンパク質全電子計算と次世代量子化学計算", 第75回日本生化学会大会予稿集, (2002) 4S69-5.
9) 佐藤洋子, 上田尚学, 吉廣保, 佐藤文俊, 柏木浩; "タンパク質量子計算のビジュアライゼーション", 第8回ビジュアリゼーションカンファレンス要旨集, (2002) sato1-5.
10) 佐藤文俊; "タンパク質全電子計算の将来", CAMM第15期「コンピュータによる材料開発・物質設計を考える会」要旨集, (2002) 1.
11) 佐藤文俊; "タンパク質量子化学計算の将来", 第7回有機化学反応解析基礎講座要旨集, (2002) 1.
12) 柏木 浩, 上野 哲哉, 佐藤 文俊, 村松 伸哉, 稲葉 享, 西川 宜孝; ”局在化軌道QCLOによるバラエティに富んだタンパク質全電子計算", 分子構造総合討論会2003要旨集, (2003) 1Dp06.
13) 佐藤文俊, 井原直樹, 上野哲哉, 大槻浩幸, 金城友之, 田原才静, 恒川直樹, 西村康幸, 牟田元, 吉廣保, 連宗旺, 西川宜孝, 村松伸哉, 岡田一俊, 稲葉亨, 小池聡, 長峰康雄, 小池秀耀, 柏木浩; "ProteinDFを基盤としたタンパク質量子化学計算システムの開発", 分子構造総合討論会2003要旨集, (2003) 2Tp06.
14) 稲葉亨, 田原才静, 西川宜孝, 佐藤文俊, 柏木浩; "ジスルフィド結合ネットワークタンパク質ヒトインスリンのQCLO法による全電子計算", 分子構造総合討論会2003要旨集, (2003) 1Pa012.
15) 上野哲哉, 西川宜孝, 村松伸哉, 吉廣保, 佐藤文俊, 柏木浩; "QCLO法によるタンパク質全電子高速計算のための階層的並列処理", 分子構造総合討論会2003要旨集, (2003) 4Pa041.
16) 牟田元, 大槻浩幸, 西村康幸, 連宗旺, 吉廣保, 佐藤文俊; "PDBの水素付加・アミノ酸置換・化学修飾プログラムの開発　－タンパク質の量子化学計算ソフトウエア支援のために－", 分子構造総合討論会2003要旨集, (2003) 4Pa044.
17) 吉廣保, 稲葉亨, 上野哲哉, 佐藤文俊, 柏木浩; "大規模タンパク質全電子計算を目指した地球シミュレータ版ProteinDFの開発", 分子構造総合討論会2003要旨集, (2003) 1Dp07.
18) 西川宜孝, 村松伸哉, 佐藤文俊, 柏木浩; "タンパク質の全電子計算のためのQCLO法プログラムの開発", 分子構造総合討論会2003要旨集, (2003) 1Pa40.
19) 恒川直樹, 上野哲哉, 佐藤文俊; "次世代量子化学計算システムのための古典ＭＤソフトウェアFlexMDの開発", 第７回理論化学討論会要旨集, to be published.
20) 牟田元, 恒川直樹, 吉廣保, 佐藤文俊; "オブジェクト指向を用いたタンパク質の水素付加プログラムの開発", 第3回日本蛋白質科学会年会要旨集, 1 (2003) 72.
21) 稲葉亨, 西川宜孝, 佐藤文俊; "ProteinDFによるヒトインスリンの全電子計算", 計算工学講演会論文集